《哥斯拉》的故事从在日本核电站工作的一对美国夫妻展开，在博士丈夫生日那天，发生了意外，他的妻子因为核泄漏离世了。最伤感的是他无奈关上安全门，和妻子一门之隔却挽救不了，眼看着妻子和同事死去却无能为力的镜头。最后留下了他和年幼的儿子，为了查找事故真相，在自己的小屋里钻研了六年来收集各种资料。
15年后，儿子成为了一名卸弹专家的士兵，他的父亲音擅自闯入泄露的隔离区，他又来到了日本为父亲保释。在日本，他们找到了事实的真相，原来真的不是地震波的脉冲影响，而是沉睡的古代巨型怪兽被人们意外唤醒，醒来后的怪兽展现出强大的破坏能力，它以核弹为事物，它的存在也震惊了世界，庞大巨兽的降临将给整个世界带来毁天灭地的灾难。 是巨大怪兽哥斯拉游到美国的西海岸，目的是杀死这两只雌雄的能飞翔的巨型怪兽，挽救了人类。
这是一个关于人类勇气与和谐的故事。当强大的哥斯拉出现，人类直面自然界的巨大力量而完全无法抵抗时，人们却不知何去何从。人类原以为人能胜天，当灾难来临却束手无策。核的力量是巨大的，但某种生物反被利用后拥有更大的能力时，人类的安全谁来保证呢？
